Nyirkos István 1951-ben kezdte felsőfokú tanulmányait a debreceni Kossuth Lajos Tudományegyetemen, 1955-ben magyar nyelv és irodalom szakos tanári diplomát szerzett. Azonnal kinevezték tanársegédnek a Magyar Nyelvtudományi Tanszékre. 1962-ben adjunktussá léptették elő.
Pályájának kezdetén elsősorban nyelvjárástani kérdésekkel foglalkozott, egyetemi doktori címet Az abaúji nyelvjárás magánhangzó-rendszere című értekezésével szerezte. Részt vett az Új magyar tájszótár anyagának gyűjtésében. Később érdeklődése a magyar hangtörténet felé fordult. Az inetimologikus mássalhangzók a magyarban című monográfiája 1987-ben jelent meg, Az inetimologikus magánhangzók a magyarban című 1993-as műve le is tölthető. (Inetimologikus hangnak azokat a hangokat nevezzük, melyek a nyelvtörténet során „a semmiből” keletkeznek – például magánhangzók a mássalhangzó-torlódások, mássalhangzók a magánhangzó-torlódások feloldására.)
1963 és 1976 között a Helsinki Egyetemen a magyar nyelv lektoraként működött. 1965-ben jelentette meg Unkarin lukemisto sanastoineen (Magyar olvasókönyv szójegyzékkel) című szöveggyűjteményét, 1972-ben pedig Nykyunkarin oppikirja (A mai magyar nyelv tankönyve) című nyelvkönyvét – utóbbinak 1979-ben javított kiadása is megjelent. Szerkesztett magyar–finn szótárt és finn–magyar–finn zsebsztótárat is: mindkettő a hetvenes években jelent meg először, utóbbinak méág a kétzres években is jelent meg (korszerűsített) kiadása.
Nyirkos István 1984-ben lett a nyelvtudomány kanditátusa, 1995-ben doktori címet szerzett. 1984 és 1987 között a KLTE BTK dékánhelyettese, 1995 és 1998 között a KLTE oktatási és általános rektorhelyettese volt. Részt vállalt a PhD-képzésekben: 1995-től a magyar nyelvészeti doktori program szociolingvisztikai alprogramját vezette, 1999 és 2002 között pedig a teljes magyar nyelvészeti doktori programot. 1993-ban megkapta Finn Akadémia emlékérmét és a Finn Oroszlán Lovagrend Parancsnoki Fokozatát, illetve a Magyar Köztársasági Érdemrend Kiskeresztjét.
